深圳一家创投机构投资总监告诉21世纪经济报道记者，他曾在他的老家——中部某省会的一个区找政府引导基金合作，最后未谈妥。“应该是有行政力量干预。”该投资总监说，按照市一级的文件，区一级必须要投放一定数量的引导基金，区里最后选择了跟当地央企旗下的一个投资公司合作。“但这笔钱对于区一级政府来说，是个烫手的山芋，因为央企的行政级别高于该区，地方政府没有博弈的空间，后期基金的运作和效益评估如何，我个人不看好。”他表示。
北京一家创投机构负责人在谈及政府引导基金问题上，也对21世纪经济报道记者说，“相当麻烦，要走后门”。
除了行政干预和权力寻租之外，各地兴起的政府创业引导基金还天然存在“择地不择优”的情况。深圳一家创投机构负责人告诉21世纪经济报道记者，通常而言， 无论是国家级还是地方级的创投资金，地方财政都要出资，因而，地方政府在设立各个子基金时，往往要求投资范围仅限于本地，或者一定比例资金需要在当地。例如，深圳规定，政府引导基金出资占20%，那么参股的创投基金必须保证40%投资于深圳本地。
相对而言，深圳这一比例不算过分，而且，深圳作为创新驱动前沿城市，好的项目也相对较多。但在内地、特别是中西部省份，硬性要求投资当地企业，在项目不足的情况下，基金就难免“要么沉淀、要么瞎投”，上述深圳某创投公司负责人说。
尽管深圳要求投本地项目比例不算高，但深圳市创业投资同业公会副会长、松禾资本创始合伙人厉伟等人在今年的深圳市“两会”上还是提交提案，建议有政府引导基金出资的创投基金只需承诺“不低于引导基金投资额投资深圳本地注册的创业企业”即可。
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